本发明请求保护一种叠加超声振动的自动化组织透明化系统及工艺，所述组织透明化系统包括反应容器，超声装置，加样装置，真空装置，温度控制装置，心脏灌注装置和PLC控制器。本系统通过在组织透明化过程中对组织和透明化试剂叠加超声振动，利用超声振动加速透明化试剂向组织中渗透。可显著提高组织透明化的程度，加快组织透明化的速度。本发明可实现自动组织透明化，反应过程中可精确控制反应条件，提高了实验的可重复性和稳定性。可帮助生物技术研究者实现更快质量更好的组织透明化，加速组织透明化技术在生物研究中的应用。