本发明提供了一种赶黄草提取物微胶囊及其制备方法，制备方法包括以下步骤：将赶黄草干燥后加入沸水浸泡过滤，然后浓缩，冷冻干燥，再加入乙醇溶液解冻，经纯化、浓缩、分离、再浓缩和冷冻干燥，得赶黄草提取物冻干粉；将壁材加入蒸馏水中搅拌至完全膨胀和溶解，调节pH得混合液；将赶黄草提取物冻干粉用乙醇溶解，然后加入混合液中，调节pH，搅拌，再静置，依次经离心、冷冻干燥，得赶黄草提取物微胶囊。本发明还包括采用上述方法制得的赶黄草提取物微胶囊。本发明实现了赶黄草提取物的肠道靶向控释，减少胃刺激，增加生物利用率；有效解决了现有技术中存在的缺乏具有肠道靶向控释作用的赶黄草提取物制剂和原料供给形式等问题。