本发明公开了一种基于生成对抗网络的图像修复方法及其系统与应用，所述图像修复方法包括：在第一生成对抗网络中，通过训练后的边界生成模型获得优化的生成缺损图像边界图；在第二生成对抗网络中，以原始完整图像、原始缺损图像及所述优化的生成缺损图像边界图作为输入对修复模型进行训练，得到训练后的修复模型；再通过训练后的边界生成模型及修复模型进行图像修复。本发明的修复方法可准确修复图像缺损区域，并显著抑制缺损区域生成的图像产生模糊或伪影，特别适用于对修复准确性等要求高的医学图像修复中。