本发明属于口腔内扫描技术领域，公开了一种口腔软组织生理运动边界的直接三维扫描方法及系统，所述口腔软组织生理运动边界的直接三维扫描系统包括：口腔图像获取模块、口腔图像处理模块、口腔图像分割模块、中央控制模块、非运动区域获取模块、直接三维扫描模块、三维扫描数据获取模块、数据存储模块、终端模块、显示模块。本发明提供的扫描系统扫描速度快、精度高，操作简单；利用活动轮廓方法半自动对作为训练集的口腔医学图像进行标注分割，半自动方法提高了做标注分割的准确性和时效性；使用对抗式生成网络自动生成口腔医学图像的分割结果，使健康口腔生理结构的完整有效表达在分割精度、效率、稳定性、鲁棒性等关键性指标上得到均衡。