本发明涉及纳米材料制备及代谢组学分析领域，特别是涉及一种Au‑Pd/wtE.coli纳米材料的代谢组学分析方法。本发明提供的代谢组学分析方法包括以下步骤：(1)对动物模型的组织或器官的冰冻切片进行DESI‑MSI扫描，得到水溶性代谢物和脂溶性代谢物的DESI‑MSI检测结果；所述动物模型为给予了Au‑Pd/wtE.coli纳米材料的动物模型；其中，DESI‑MSI检测条件包括：正模式下，电压为4.5～5kV；负模式下，电压为‑4.5～‑5kV；空间分辨率为50～100μm；溶剂喷雾组成为90～95％甲醇水溶液；(2)对所述DESI‑MSI检测结果进行空间代谢组学分析。此外，本发明的代谢组学分析方法还可以包括对Au‑Pd/wtE.coli纳米材料共培养的细胞进行的非靶向代谢组学检测与分析。本发明为评估Au‑Pd/wtE.coli合成技术与生物响应特性评价提供了依据，应用前景广阔。