本发明提供了基于散点数据的水体环境地形构建方法，包括以下步骤：①通过野外调查获取目标区域的地形散点数据并绘制成CAD图；②提取各河道横断面上的实测点的横向距离、纵向距离和高程数据；③采用三次样条插值函数对各河道断面进行插值；④通过三角形网格对整个目标区域进行线性插值，得到目标区域的平面地形图；⑤将目标区域的平面地形图转化为目标区域的河床曲面；⑥计算目标区域在现有水力条件下的河床可动层厚度，以河床可动层厚度为依据将河床曲面向下垂向拉伸，即完成基于散点数据的目标区域的水体环境地形构建。本发明可提高构建的水体环境地形的准确性，可为建立河道洪水、泥沙输运以及污染物扩散模型提供技术支持。