这是一种用于对氨氧化细菌进行分类检测的探针及其组合探针、试剂盒和检测方法。探针为如SEQ ID ****～20中所示的任一核苷酸序列；或对如SEQ ID ****～20中所示的任一核苷酸序列的骨架进行修饰后的序列，修饰位点为序列中A、C、G和T的至少一种；还提供了一种直接RNA液相芯片检测方法，该方法能够利用液相芯片平台对氨氧化细菌进行mRNA直接检测，无需经过反转录，以及PCR和循环剪切等扩增步骤。本发明提供的探针为氨氧化细菌重要功能基因amoA的mRNA探针，可直接表征氨氧化细菌的脱氮活性，此基因仅氨氧化细菌具有，该组探针比现有16SrRNA分子探针的特异性更强。