本发明适用于天然药物的药效检测领域，提供了一种天然药物防龋药效的检测方法，包括：筛选天然药物的细菌学效能检测指标和/或牙齿生物矿化效能检测指标；确定该细菌学效能检测指标和/或牙齿生物矿化效能检测指标的权重系数；根据筛选的所述细菌学效能检测指标及其权重系数和/或牙齿生物矿化效能检测指标及其权重系数对天然药物的细菌学效能和/或牙齿生物矿化效能进行检测，获取天然药物的细菌学效能参数值和/或牙齿生物矿化效能参数值。本发明可以检测天然药物的细菌学效能和/或牙齿生物矿化效能参数值，检测结果可信度高，并可以全面反映天然药物的综合防龋药效，可用于防龋药物初筛过程的药效检测。