基于分子描述符的蛋白质-配体亲和力预测方法。构建完善而系统的分子描述符反映蛋白质-配体亲和力，采用支持向量回归的方法建立描述符与亲和力的关系。步骤是：a、训练集的准备：准备大量同时包含蛋白质-配体复合物晶体结构及其亲和力数据。b、分子描述符的构建与计算：构建50种九类不同的分子描述符，计算出训练集中所有复合物描述符的具体值。c、回归模型的建立；采用支持向量回归方法拟合描述符与亲和力之间的关系，引入共轭梯度法来优化其惩罚因子C和核函数参数。d、组建新型的打分函数，用于预测复合物的亲和力。本发明具有预测能力强、靶点依赖性小、对同系物敏感性高等优点。