本发明公开了一种微生物样品快速检测方法及其实施检测装置，是基于介孔生物芯片来实现的。检测方法首先是在介孔生物芯片微孔孔道面上固定抗体，使测试样品流经固定有抗体的芯片微孔孔道，芯片就可以分离富集病原微生物或其它生物物质，然后将含有荧光标记或酶标记抗体的溶液注入到芯片微孔孔道内，形成夹心式的抗体-抗原-标记抗体免疫复合物，病原微生物或其它生物物质是通过检测荧光标记抗体的荧光强度或者酶催化反应产物对光的吸收、化学发光的光强度，实现对待检测微生物的检测。由于介孔生物芯片具有数量众多的微孔孔道，大大增加了反应面积，因此采用本发明检测微生物样品，具有检测灵敏度高，检测快速的特点。