本发明公开了一种基于卡拉胶的自抗凝类肝素微球及其制备方法与应用，该基于卡拉胶的自抗凝类肝素微球包括网络结构的卡拉胶微球及经交联剂构筑的、与卡拉胶微球网络相互穿插的聚丙烯酸交联网络；该微球细胞毒性低，具有优良的生物相容性，且具有与抗凝剂肝素类似的结构和功能基团，表现出优异的抗凝血性能；相互穿插的卡拉胶微球网络与聚丙烯酸交联网络构成双网络，双网络之间相互制约，从而提升了微球的机械强度并且限制了其溶胀率，可以有效避免微球在使用过程中破裂，且可在使用中保持微球尺寸的稳定性，是一种具有应用前景的血液灌流器用新型吸附材料。