本发明提供了一种治理山区河流冲刷性河段河床下切的漂石阶梯结构布置方法，步骤如下：(1)目标河段为原型构建第一物理模型；(2)确定漂石选择范围；(3)铺设漂石构建第二物理模型，确定基础漂石控制区；(4)向第一和第二物理模型中引入水流进行冲刷至床面稳定后，选择纵剖面，绘制床面稳定后各纵剖面的形态图；(6)计算各基础漂石控制区中各纵剖面的平均河床抗冲效率λp；(7)调整各基础漂石控制区的漂石铺设位置或/和漂石尺寸，使各基础漂石控制区中的λp＜λmax，λmax＝0.3～1，以此时的第二物理模型为基础，计算拟在目标河段铺设的漂石的尺寸，选择漂石并按与作为基础的第二物理模型相同的铺设方式铺设于目标河段中。