本发明属于反渗透分离膜领域，具体涉及一种耐氯型聚酰胺反渗透复合膜及其制备方法。本发明提供一种耐氯型聚酰胺反渗透复合膜的制备方法，采用传统的界面聚合法制备，包括水相溶液的制备、有机相溶液的制备和界面聚合反应，其中，所述有机相溶液包括多元酰氯单体和第二单体，所述第二单体为分子结构中含有还原性基团的多元酰氯单体。本发明首次将还原性基团如硫醚基团等引入聚酰胺分子链主链上，利用其氧化还原反应活性强于酰胺键氨基的特性，在聚酰胺反渗透膜与活性氯接触时优先氧化并且生成性能稳定的基团，从而在一定程度上保护酰胺键氨基不被氯化氧化破坏。