本发明公开氟硼荧‑四嗪生物正交探针及其制备方法，1)将BODIPY1‑2、TMSOTf溶于无水乙腈‑二氯甲烷混合溶剂中，混匀，将反应溶液在0℃条件下搅拌30min，使BODIPY1‑2活化；2)，向反应溶液中加入叔丁醇淬灭TMSOTf，然后滴加2,6‑二甲基吡啶和四嗪Tza‑Tzg预混合乙腈溶液，将混合溶液在0℃条件下搅拌反应10min；3)，将步骤2)中的反应用水淬灭，再用DCM萃取，将有机层分离，有机相用Na2SO4干燥、真空浓缩后，将反应产物经硅胶柱分离纯化，得到氟硼荧‑四嗪生物正交荧光探针。采用BODIPY化合物与四嗪类化合物反应发生反应生成氟硼荧‑四嗪生物正交探针，合成过程中产率极大提高，且探针水溶性得到了较大提升，同时具有荧光开启的性质，这些提升有利于该类探针在细胞成像上应用。