本发明提供一种分步利用离子液体的梯度极性制备微纤维胶原的方法，是通过配制至少3种质量浓度为5％‑95％的离子液体，并按照离子液体极性从小到大或者从大到小的顺序，将微纤维胶原的原料依次分步放入上述顺序的离子液体中进行离子液体处理，再经过后处理即得微纤维胶原。本发明制备方法条件温和，在不超过胶原变性温度下通过对离子液体极性的调控，从而在胶原未变性的条件下，得到保持了生物活性的微纤维胶原；并且该制备方法产率可达80％，离子液体可回收重复使用，其制备所得微纤维胶原具有短纤维含量高、纯度高、生物相容性好、无毒性的特点，可直接作为生物医学材料应用于生物医学领域。