本发明提供一种多步连续酶催化微纤维胶原交联改性的方法，是将微纤维胶原原料分散在去离子水中配置为混合液，称取转谷氨酰胺酶加入至混合液中进行催化反应0.5～3h，然后称取A酶加入至混合液中继续进行催化反应0.5～2h，最后将混合液离心处理取沉淀，将所得沉淀进行后处理，即得交联改性的微纤维胶原。该方法通过少量多次的酶催化使得微纤维胶原在短时间内完成分步交联，从而制备获得机械性能、耐热稳定性和耐酶解性能得到提升的改性微纤维胶原，并且具备生物活性和安全无毒的特点。