本发明公开一种取芯钻机驱动系统，包括驱动马达，驱动马达包括外转子和内定子，外转子内壁和内定子外壁有相互配合的凸棱，外转子与内定子间隙配合，外转子与内定子之间的间隙为驱动液流道，外转子长度小于内定子长度，外转子在内定子前、后两端之间，所述外转子连接外筒，所述内定子后端与联轴器连接。本发明提供的取芯钻机驱动系统，可与地面设备配合控制取芯钻机井下设备按取芯步骤工作，实现远距离泥浆驱动钻进取芯，驱动系统高功率、无极变速、微扰动。