本发明提出一种基于基于水权交易的水资源分配方法，属于水资源分配领域。本发明技术方案要点为：首先，判断可用水量是否大于等于需求用水量，若是则将需求用水量作为分配水量进行分配，否则设定假设条件、辅助变量、上层决策变量及下层决策变量，并建立双层多目标分配模型，所述双层多目标模型包括上层目标函数及下层目标函数；然后，基于破产理论和遗传算法分别对上层目标函数及下层目标函数进行求解。本发明考虑了蓝水虚拟水交易对水资源管理系统的促进作用，目的是明确水资源管理系统的内部结构，分析水务局和各用水部门的博弈关系，构建斯坦伯格‑纳什‑海萨尼均衡模型，设计智能求解算法，从而获取满意的水资源分配方案。