本发明涉及一种肠道给药载体巯基化海藻酸钙微球及其制备方法。本方法将海藻酸钠和巯基化海藻酸钠按质量比（1~8）：1混合后配制质量浓度为0.5%~5%的溶液，之后加入含表面活性剂的油相，室温下于200~900rpm乳化45min，加入CaCl2粉末后于100~400rpm下继续搅拌0.5~3h以交联固化微球，离心破乳、洗涤后将微球筛分即制备得到巯基化海藻酸钙微球。本发明采用乳化法制备的巯基化海藻酸钙微球，其粒径均一可控且单分散性好。本发明制备的巯基化海藻酸钙微球在小肠中具有很强的粘膜粘附性能，可以延长微球在肠道中的停留时间，达到长效给药的效果。因此，本发明制备的巯基化海藻酸钙微球在作为蛋白质、多肽等生物活性药物载药体系以及肠道定向给药领域中具有潜在的市场应用前景。