本发明提供了山区小流域山洪灾害分区预警方法，步骤如下：①选定需要进行山洪灾害预警的山区小流域河段作为目标河段，从目标河段中筛选出河岸有生命财产需要保护的河段记作待预警河段；②对待预警河段过往发生的山洪灾害进行野外调查，将过往山洪灾害主要表现为冲毁、淤埋及淹没的成灾区分别记作冲毁、淤埋及淹没成灾区；③对冲毁、淤埋及淹没成灾区分别建立山洪灾害预警指标；④对淤埋成灾区，在每年容易出现暴雨的月份之前，测量处于淤埋成灾区的河段及与其衔接的上游河段的河床比降，根据两河段的河床比降比值的大小发出不同的预警；当目标河段发生暴雨时，对冲毁成灾区和淹没成灾区的预警指标进行监测，在达到预警指标时发出预警。