本发明适用于医疗设备技术领域，提供了一种内镜治疗附件自主控制器，包括内镜组件、输送组件和调节组件，所述内镜组件包括手持柄和活检孔和治疗附件，通过设置调节杆、传动框和输送轮，使得在进行内镜下治疗手术过程中，手术医生可以手握手持柄，并利用食指不断按压压杆，利用复位弹簧的弹复性，配合操作者的手指按压，带动调节杆正反旋转，从而带动上下两组输送轮呈相反方向转动，使得治疗附件不断向活检孔的内腔输送，避免了目前在进行内径下治疗手术过程中，操作者右手需要离开镜身，不仅造成内镜镜头不能稳定在理想的位置，而且当调整好治疗附件的伸出长度后，又需要重新调整内镜镜头的位置，从而影响手术操作的精度的问题。