本发明公开了一种抗干扰旋转机械的故障诊断方法，包括，对旋转机械故障数据信号进行预处理；采用Meyer小波滤波器组对步骤一中的所述信号进行分解；计算步骤二中分解树中的各个子频带的多重去色循环谐波率值；选取多重去色循环谐波率图中多重去色循环谐波率值******的解析子信号的平方包络谱作为诊断结果；若多重去色循环谐波率大于历史值的2倍，则诊断对象存在故障的概率大于80％。本发明构建一个多重去色循环谐波率去刻画频带信噪比，用多重去色循环谐波率去替换快速谱峭度图中的谱峭度指标；用小波中所采用的Meyer小波滤波器去对信号进行分解，以替换快速谱峭度图中的FIR滤波器，Meyer小波滤波器可以克服小波包的分析频率中央的频谱泄露问题。