本发明属于船舶信息检测技术领域，公开了一种基于深度神经网络的SAR船舶检测系统及方法，融合特征提取模块用于从SAR图像中提取特征，通过自底向上和自顶向下的过程充分融合特征；区域提案模块用于将FEEN提供的融合特征作为输入，进行SAR图像船舶与背景的分类，以及生成包含船舶目标位置的粗候选窗口；细检测模块用于以FEEN提供的特征和RPN提供的粗锚框作为输入，细化粗锚框，进行更细的船舶检测，得到最终检测结果。本发明提供的检测方法在SAR复杂背景下(远海岸和近海岸)的多尺度船舶、小目标船舶检测中具有良好的性能，并取得了较高的船舶检测精度。