本发明涉及一种共价药物的设计方法，属于靶向药物技术领域。本发明解决的技术问题是提供了一种共价药物的设计方法。该方法主要是通过靶向结合口袋外周的特定残基来设计共价抑制剂。药物分子主体部分与结合位点结合，共价反应靶头与口袋外周特定氨基酸残基形成共价结合，linker部分连接反应靶头与主体部分。药物分子的主体结构并未发生改变，不会影响主体部分与结合位点的结合，同时与口袋外周特定的氨基酸残基形成的共价键可以大大增加化合物分子与靶标蛋白的结合能力，从而得到持久强效的生物活性。利用这种方法，即使结合口袋中没有可共价反应残基仍然可以依据口袋周围的特定氨基酸开发出共价抑制剂，大大拓宽了共价药物的设计思路及应用范围。