本发明公开了多目标约束下的水光蓄互补发电系统容量优化配置方法，该方法包括输入容量配备方案；搭建水光蓄互补网络模型；对搭建的网络模型进行离网暂态安全仿真，同时判断是否满足暂态安全约束，如果满足则执行下一步，如果不满足，则修改容量配置后返回上一步；进行并网秒级功率波动仿真，同时判断是否满足联络线功率波动约束；对投资建设的费用进行计算，同时判断是否达满足经济性；完成多目标约束下的水光蓄互补发电系统的最优容量配置。通过上述方案，本发明达到了满足暂态电压、频率、功角约束，极限切除时间与机组建设投资费用平衡的水光蓄容量安全性最优配置的目的，具有很高的实用价值和推广价值。