本发明提供了一种整合蛋白质组和糖蛋白质组的定量分析方法，包括以下步骤：(1)蛋白质加热变性后，进行还原烷基化处理；(2)在超滤管中使用胰蛋白酶将蛋白质酶切成肽段，离心即得肽段；(3)亲水作用色谱HILIC填料结合肽段，洗涤除杂，再洗脱得完整N‑糖肽；(4)加入三氟乙酸并加热去除N‑糖链外围唾液酸，得到去唾液酸的N‑糖肽；(5)使用HCD‑MS/MS分析肽段得到蛋白质组数据，并使用MaxQuant定性定量分析；(6)使用SCE‑HCD‑MS/MS分析完整N‑糖肽和去唾液酸的N‑糖肽，使用Xcalibur软件定性定量分析。本发明能简单、快速有效地实现蛋白质组和糖蛋白质组的定量分析，在疾病的发生发展机制研究以及新型生物标志物发现等方面具有良好的应用前景。