本发明公开了一种基于暂态频率指标的互补系统控制策略组合优化方法，包括以下步骤：建立互补发电孤岛系统并设置故障扰动点；制定光伏策略组并选择最优光伏策略组；制定风电策略组并选择最优风电策略组；设定水电PID控制参数并选择最优参数；得到互补发电孤岛系统模型的最优策略组合。本发明分别从光伏、风电、水电控制策略的角度，结合时域仿真分析和暂态频率指标，对互补发电运行情况下的频率响应进行择优选择，以提升多种可再生能源系统的频率特性和调节性能，弥补可再生能源发电系统不稳定的缺点。