本发明公开了一种水资源效率检测及预测方法，其包括以下步骤：S1、获取水产生系统、水使用系统和污水处理系统的投入数据和污水处理系统的数据；S2、构建三阶段数据包络分析模型；S3、将水生产系统、水使用系统和污水处理系统中同一年份的数据输入三阶段数据包络分析模型，分别得到水生产系统、水使用系统和污水处理系统的水资源效率；S4、根据水生产系统、水使用系统和污水处理系统的数据及对应的水资源效率训练神经网络模型；S5、采用训练后的神经网络模型对水资源效率进行预测。本发明可以检测目标区域的水资源效率，并给出水资源效率低的环节，便于相关部门针对性改进。