本发明公开了一种基于气象数据的自然分区可视化方法，先采集气象数据，并对数据进行降维，对数据进行聚类与评估计算；设计簇数选取、全局呈现与定量评估视觉编码，表示对应干湿振荡周期下自然分区结果的全局呈现；设计站点地理分布和气候时期轴视觉编码，表示自然分区时空分布情况；设计点簇关系视觉编码，表示簇之间、点与簇、点之间属性分布对比情况；结合多种视图联动，完成全局呈现与评估、基于站点的时空自然分区、点簇关系视觉的通道映射和可视化布局。本发明能提供分析者时期、区域数供用户交互选取，可有效对相似气候区域进行划分；结合客观指标与主观评价，辅助用户依据行业经验进行聚类调整，协助用户探索气候相似区域的演进过程。