本发明公开一种动物颅骨缺损模型建模工具及其使用方法，包括：钻杆、螺母、支撑架、钻头；所述支撑架包括套筒、支撑架盖、脚架，所述脚架与所述支撑架盖固连，所述套筒下端设置在支撑架盖上；所述钻头与钻杆可拆卸连接，所述钻杆与所述套筒间隙配合，所述螺母设置在钻杆上部，钻杆上设有刻度尺；使用方法包括步骤：1、组装建模工具；2、钻颅骨；3、去颅骨；4、拆卸建模工具。本发明可以精准控制建模时的钻孔深度，解决了钻取时的垂直度问题，可较好地保证建模质量。