本发明公开了多酚氧化酶的应用及合成黄酮的方法,进一步限定了多酚氧化酶在催化如式1结构化合物氧化生成如式Ⅱ或式Ⅲ结构化合物中的应用,所述多酚氧化酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6、SEQ ID NO.7或SEQ ID NO.8所示;验证了多酚氧化酶可以将圣草酚转化为木犀草素和5,7‑二羟基色原酮,和紫铆亭转化为3',4',7‑三羟基黄酮和7‑羟基‑4色原酮;这对番茄黄酮生物合成机制的研究具有重要的意义。本发明进一步验证了SlPPO F蛋白具有很高的热稳定性,并利用该基因的大肠杆菌工程菌合成了木犀草素,为开发微生物工程和酶工程提供了新的工具。