本发明公开了一个三角褐指藻二酰基甘油转移酶及其编码基因与应用,属于基因工程技术领域。该三角褐指藻二酰基甘油转移酶的氨基酸残基序列如SEQ ID No:2所示。编码三角褐指藻二酰基甘油转移酶的基因,是下列核苷酸序列之一:1、序列表中的SEQID No:1;2、编码与序列表中SEQ ID No:2蛋白质序列的核苷酸序列;3、与序列表SEQID No:1限定的核苷酸序列具有90%以上的同源性,且编码相同功能蛋白质的DNA序列。实验证明,本发明的转基因可显著提高藻类油脂含量,从而为藻类的油脂含量改善提供了一个优质基因,具有广阔的应用前景和重要的应用价值。