本发明公开涉及一种含锆镁合金的复合精炼方法，其包括如下步骤：a、往第一加热装置中加入镁锭使镁锭熔化成熔融镁熔体；b、往熔融镁熔体加入合金元素锭，得到中间镁熔体；c、再往合金中间熔体中加入镁锆中间合金，搅拌装置继续搅拌，得到合金溶体；d、除去合金熔体表面上浮熔渣；e、往合金溶体中加入精炼用的熔剂；f、通过气体输送装置往合金溶体中加入精炼用的气体；g、合金熔体的温度降至其铸造温度。通过把不含锆合金与镁锆中间合金的合金化分别开展，将已经沉底的锆元素粒子重新回到合金中间熔体中进行重熔，能够提高锆在合金中间熔体中的溶解度，提高锆的收得率，也降低了生产成本。