本发明公开了基于方差最小准则的系统侧谐波阻抗估计方法及系统，方法包括以下步骤：S1：在公共连接点处采样获得采样数据，并将所述采样数据按小时段进行分段；所述采样数据包括电流值和电压值；所述小时段为长度小于采样数据总长度10%的时段；S2：将分段后的采样数据根据方差最小准则建立系统侧谐波阻抗方差最小函数；S3：将所述方差最小函数根据配方法求解并得出系统侧谐波阻抗；系统包括采样单元、分段单元、构建单元和求解单元。本发明假设符合系统实际运行时谐波阻抗变化规律，可在小时段内对谐波阻抗变化进行追踪，相比传统方法基于系统谐波阻抗不变的假设，本发明对变化的系统阻抗估计更为准确。